Sesuai dengan yang diamanatkan pasal 4 ayat 2 Undang-undang Nomor 4 Tahun 2004 tentang kekuasaan Kehakimaan, dan ketentuan Pasal 40 UU Nomor 31 Tahun 1997, bahwa Pengadilan Militer Tinggi II Jakarta mencanangkan Visi :

TERWUJUDNYA PENGADILAN MILITER TINGGI II JAKARTA YANG AGUNG

Selanjutnya, untuk dapat mewujudkan visi sebagaimana tersebut diatas, maka telah ditetapkan Misi sebagai berikut :

1. Menjaga kemandirian Pengadilan Militer Tinggi II Jakarta dan jajarannya.
2. Meningkatkan kepercayaan masyarakat terhadap sistem peradilan di Pengadilan Militer Tinggi II Jakarta.
3. Mewujudkan pelayanan prima Pengadilan Militer Tinggi II Jakarta bagi masyarakat pencari keadilan.
4. Meningkatkan akses masyarakat terhadap keadilan di Pengadilan Militer Tinggi II Jakarta.